Instytut Pedagogiki Specjalnej powstał w 2005 roku na mocy uchwały Senatu Akademii Pedagogiki Specjalnej im. Marii Grzegorzewskiej z dnia 23 lutego 2005 roku. W strukturze Akademii należał  do Wydziału Nauk Pedagogicznych.

Pierwszym Dyrektorem Instytutu była prof. Joanna Głodkowska, która sprawowała tę funkcję przez 15 lat. Następnie przez 4 lata obowiązki Dyrektora pełniła dr hab. Ewa Maria Kulesza, prof. APS a obecnie Dyrektorem Instytutu jest dr hab. Diana Aksamit, prof. APS.

Misją Instytutu Pedagogiki Specjalnej jest „przygotowanie pedagogów specjalnych, nauczycieli i innych specjalistów pracujących na rzecz osób wymagających wsparcia w duchu poszanowania ich ludzkich i obywatelskich praw, zrozumienia i akceptacji dla odmienności, traktowania niepełnosprawności jako niezbywalnego elementu ludzkiej kondycji oraz włączania osób z niepełnosprawnością w życie społeczeństwa na zasadzie równoprawnych obywateli” (Strategia Rozwoju APS 2021– 2030).

Do podstawowych zadań Instytutu Pedagogiki Specjalnej należy działalność naukowa, dydaktyczna i organizacyjna na rzecz uczelni. Badania naukowe ogniskują się głównie wokół terapii, rehabilitacji i edukacji uczniów ze specjalnymi potrzebami edukacyjnymi, edukacji inkluzyjnej, funkcjonowania osób z niepełnosprawnością, z zaburzeniami rozwojowymi, z niedostosowaniem społecznym oraz metod wspierania osób ze specjalnymi potrzebami.

Funkcjonowanie Instytutu określa Regulamin Instytutu Pedagogiki Specjalnej, który wyznacza zasady i ramy działania oraz szczegółowe cele i kierunki realizowanych aktywności.

Pracownicy IPS współpracują z przedstawicielami krajowych i zagranicznych instytucji naukowych (m.in. Indonezji, Japonii, Kazachstanu, Niemiec, Stanów Zjednoczonych, Tajwanu, Ukrainy, Wielkiej Brytanii),  organizacjami pozarządowymi, ośrodkami wsparcia dla osób z niepełnosprawnością, z niedostosowaniem społecznym, placówkami medycznymi, ośrodkami pomocy społecznej, żłobkami, przedszkolami, szkołami, poradniami psychologiczno-pedagogicznymi.

W Instytucie działają studenckie koła naukowe:

Koło Naukowe Disability Studies

Koło Naukowe Terapii Pedagogicznej

Koło Naukowe Edukacji i Rehabilitacji Osób z Niepełnosprawnością Intelektualną 'IDEM'

Koło Naukowe WWR Progressus