Instytut Pedagogiki Specjalnej powstał w 2005 roku na mocy uchwały Senatu Akademii Pedagogiki Specjalnej im. Marii Grzegorzewskiej z dnia 23 lutego 2005 roku. W strukturze Akademii należał  do Wydziału Nauk Pedagogicznych.

Pierwszym Dyrektorem Instytutu była prof. Joanna Głodkowska. Funkcję swą sprawowała przez 15 lat. Obecnym Dyrektorem Instytutu jest dr hab. Ewa M. Kulesza prof. APS.

Misją Instytutu Pedagogiki Specjalnej jest „przygotowanie pedagogów specjalnych, nauczycieli i innych specjalistów pracujących na rzecz osób wymagających wsparcia w duchu poszanowania ich ludzkich i obywatelskich praw, zrozumienia i akceptacji dla odmienności, traktowania niepełnosprawności jako niezbywalnego elementu ludzkiej kondycji oraz włączania osób z niepełnosprawnością w życie społeczeństwa na zasadzie równoprawnych obywateli” (Strategia Rozwoju APS 2021– 2030).

Instytut Pedagogiki Specjalnej działa w oparciu o Regulamin.

Od 2021 r. w Instytucie funkcjonuje jedna katedra i pięć zakładów:

Katedra Interdyscyplinarnych Studiów nad Niepełnosprawnością

Zakład Edukacji i Rehabilitacji Osób z Niepełnosprawnością Intelektualną

Zakład Psychopedagogiki Resocjalizacyjnej

Zakład Surdopedagogiki

Zakład Terapii Pedagogicznej

Zakład Tyflopedagogiki

W strukturze IPS znajduje się także Gabinet Metodyczny.

Do podstawowych zadań Instytutu Pedagogiki Specjalnej należy działalność naukowa, dydaktyczna i organizacyjna na rzecz uczelni. Badania naukowe ogniskują się głównie wokół terapii, rehabilitacji i edukacji uczniów ze specjalnymi potrzebami edukacyjnymi, edukacji inkluzyjnej, funkcjonowania osób z niepełnosprawnością, z zaburzeniami rozwojowymi, z niedostosowaniem społecznym oraz metod wspierania osób ze specjalnymi potrzebami.

Pracownicy IPS współpracują z przedstawicielami krajowych i zagranicznych instytucji naukowych (m.in. Indonezji, Japonii, Kazachstanu, Niemiec, Stanów Zjednoczonych, Tajwanu, Ukrainy, Wielkiej Brytanii),  organizacjami pozarządowymi, ośrodkami wsparcia dla osób z niepełnosprawnością, z niedostosowaniem społecznym, placówkami medycznymi, ośrodkami pomocy społecznej, żłobkami, przedszkolami, szkołami, poradniami psychologiczno-pedagogicznymi.

W Instytucie działają studenckie koła naukowe:

Koło Naukowe Disability Studies

Koło Naukowe Terapii Pedagogicznej

Koło Naukowe Edukacji i Rehabilitacji Osób z Niepełnosprawnością Intelektualną 'IDEM'

Koło Naukowe WWR Progressus